U vođenju računovodstva ili knjigovodstva za doo ili jdoo nema nikakve razlike, sva se knjiženja provode jednako.
Jedina i jako bitna posebnost propisana je čl. 390.a, st. 5. Zakona o trgovačkim društvima za jdoo, a to je da u zakonske rezerve treba unijeti 1/4 ili 25% iznosa dobiti koja je iskazana u godišnjem financijskom izvještaju. Jedino ako postoje gubitci iz prethodne godine, prvo se 25% ostvarene dobiti umanjuje za te gubitke, pokriva se gubitak, a razlika ako ostane knjiži se u te zakonske rezerve.
To se knjiži u slijedećoj godini, npr. 25% ostvarene dobiti u 2014. koja je iskazana kao dobit nakon oporezivanja u Računu dobiti i gubitka i Bilanci knjiži se na zakonske rezerve u 2015., to se knjiži na temelju odluke o rasporedu dobiti.
Kada jdoo poveća temeljni kapital na 20.000,00 kn i više, to društvo i dalje ostaje jdoo (ne postaje automatizmom doo) ali više nema obvezu formirati te zakonske rezerve. Dalje sva pravila i knjiženja su kao za doo, samo je i dalje jdoo.