Kod prefakturiranja troškova obračunava se PDV, bez obzira o kakvim se troškovima radi. Na žalost i ako Zakonom o PDV-u nije propisano institucijalno oslobođenje za pojedine usluge (čl. 39., 40. Zakona) Porezna uprava ta oslobođenja tumači upravo na taj način. Pojašnjenje je da ste tu naknadu knjižili na trošak, kod fakturiranja će se iskazati prihod pa ta naknada ne predstavlja prolaznu stavku prema čl. 33. st. 3. Zakona o PDV-u. Znači jedino ako se nešto plati u ime i za račun nekoga, to nije naknada već prolazna stavka koja se evidentira kao potraživanje i zatvaranje potraživanja po naplati i ne oporezuje se PDV-om.
To s uslugama, npr. financijskim, nema nekog smisla jer ako kupimo (primimo za kompenzaciju) pečeni kruh ili mlijeko i sl., i prodamo ga, nećemo iskazati PDV od 25% zato što nismo pekara ili trgovac…, ali na ovu naknadu od banke treba obračunati PDV od 25%.
Naravno, ne primjenjuje se institucijalno oslobođenje, ali Zakonom je „mudro“ propisano: „Kada to obavi…Što ih obavljaju…Kada to čini… i td.“. Znači nije šija nego je vrat.